Das Archiv der Universität wurde zunächst bei der Universität in Kiel selbst verwahrt und dort auch schon in früherer Zeit geordnet. Ein erstes Verzeichnis der Akten gibt es bereits für das Jahr 1748. 1934 wurde ein Depositalvertrag mit dem damaligen Staatsarchiv in Kiel geschlossen. So gelangte im Sommer 1934 eine erste Abgabe von Universitätsakten dorthin. Diese Akten bilden bis heute den Kernbestand der Universitätsüberlieferung für die Zeit vor 1945. Da während des Zweiten Weltkrieges der größte Teil der Altakten und der laufenden Registratur verbrannt war, mussten ab 1945 neue Akten angelegt und deren Archivreife abgewartet werden. Zwischen 1964 und 1998 kamen in unregelmäßigen Abständen mehrere größere und kleinere Aktenabgaben von der Universität an das Landesarchiv. Infolge eines 2002 geschlossenen Vertrags zwischen Universität und Landesarchiv Schleswig-Holstein gelangten weitere Akten in den Bestand.