Dogan Akhanli greift in Madonnas letzter Traum die Novelle Madonna im Pelzmantel des türkischen Dichters Sabahattin Ali auf und schreibt sie neu. Alis Novelle erzählt von einer im Berlin der 1920er Jahre stattfindenden Liebesbeziehung zwischen einem jungen türkischen Mann und einer jungen jüdischen Malerin, die bei der Geburt des gemeinsamen Kindes stirbt. Alis Novelle gilt als eines der bedeutendsten türkischen Prosawerke des 20. Jahrhunderts. Akhanli macht Sabahattin Ali selbst zur Romanfigur. Auf seinem Weg ins Exil wird er 1948 von Angehörigen des türkischen Geheimdienstes getötet. Unmittelbar vor seinem Ableben gesteht er, Maria Puder sei in Wirklichkeit anders gestorben als in seiner Novelle. Madonnas letzter Traum ist der Versuch, die wahre Geschichte des Lebens und Todes von Maria Puder in der NS-Zeit zu entdecken.Der Roman verwebt fiktionale Elemente mit wahren historischen Ereignissen. So wird die Flucht von Maria Puder vor dem NS-Regime mit dem Schicksal des Flüchtlingsschiffs 'Struma', dessen jüdische Passagiere 1942 im Hafen von Istanbul an der Weiterreise gehindert wurden, verknüpft. Auf einer anderen Erzählebene hat der namenlose Autor und Exilschriftsteller aus Köln den Auftrag, einen Essay über rassistische Gewalt zu schreiben. Die Aufgabe verkompliziert sich jedoch durch die Lektüre der Novelle von Sabahattin Ali und der Begegnung mit den Spuren der NS-Geschichte. Er macht sich auf die Suche nach der wahren Biographie Maria Puders. Dabei konfrontiert ihn seine Reise auch mit seiner eigenen Lebensgeschichte und seinen Wurzeln.